Il territorio comunale, così come altri territori circostanti dell'alto Sannio, presentano diversi siti di alto valore naturalistico ed ecosistemico, questo grazie anche alla bassa antropizzazione dei luoghi. Gli studi del P.T.C.P. provinciale individuano a Santa Croce del Sannio un'area protetta coincidente con il “Bosco di Realto”, definita come zona S.I.C. (Sito di Importanza Comunitaria) ed inserita quindi anche all’interno della “Rete Natura 2000”. In tale studio vengono individuate inoltre aree sottoposte a tutela paesistica coincidenti con i torrenti e corsi d’acqua iscritti negli elenchi delle acque pubbliche.
La varietà del paesaggio e la conservazione della natura rivestono a Santa Croce un ruolo primario nella definizione della qualità del territorio, in cui gli habitat naturali e le specie si sono mantenute in un assetto che ha risentito in misura minore dell’impatto antropico, o che ha saputo adattarsi a questo permettendo il mantenimento/ripristino di aree naturali di importante interesse ecologico. Nel territorio comunale possono essere individuate aree coperte da foreste e boschi e macchie di essenze arbustive e a cespugli infestanti, rovi, rose selvatiche, biancospino, ginepro ecc.